De ijzeren ramen uit 1856 - 1862 werden in de 20e eeuw vervangen door de huidige glas-in-lood ramen. Deze bevinden zich aan beide zijden van het koor en schip. Verschillende ervan werden door Eper families geschonken. Hun namen zijn op de ramen vermeld.

Vier van de ramen vormen een bijzondere schenking. Het eerste bevindt zich boven de ingang aan de hoofdstraat, in het koor. Het is gewijd aan ds. Prins en werd hem aangeboden bij zijn afscheid in 1917. Aan de onderzijde staan drie afbeeldingen: Marcus 10 vers 14 “Laat de kinderen tot Mij komen, verhindert ze niet…”. Dit slaat op de grote betrokkenheid van ds. Prins bij de jeugd; de Eper Gemeentewoning, die hij op zijn kosten liet bouwen en die in 1912 werd geopend; Lucas X vers 30 – 35 – De Barmhartige Samaritaan – herinnert aan zijn betrokkenheid bij minder vermogende in de gemeente.

Naast de gerfkamer bevindt zich een raam dat in 1922 werd aangeboden door het Sint Anthonie gilde. Links in het schip is een raam met de afbeelding van de H. Martinus van Tours, die de helft van zijn mantel aan een bedelaar schenkt. Dit raam werd op 19 juni 1968 aangeboden door het R.K. kerkbestuur van de Martinus-parochie uit dank dat zij meer dan een jaar had mogen “kerken” in de Grote Kerk. Hun kerk werd toen vervangen door een grotere moderne kerk.

Het laatste bijzondere raam bevindt zich rechts in het koor, deze is in 1925 geschonken door de diaconie ter herinnering aan Jan Berends Koopman. Hij schonk in de 18e eeuw een boerderij, “de Kolk” met veel land aan de diaconie van de Hervormde Gemeente Epe.